Il fut le président de la République de Chine du 15 janvier 1988 au 20 mai 2000 et le responsable du parti Kuomintang (KMT) de 1988 à 2000.
Son mandat fut marqué par la continuation des réformes démocratiques majeures initiées par Chiang Chingkuo, qui céda le pouvoir en faveur d'une démocratie électorale.
Il promut aussi le mouvement de localisation de Taiwan et mena une politique étrangère agressive pour gagner de nouveau alliés diplomatiques. Ses détracteurs l'accusèrent de corruption, et d'être un défenseur secret de l'indépendance de Taiwan.
A l'issue de son mandat, Li Tenghui confirma une partie de ces accusations en devenant un activiste radical en faveur de l'indépendance de Taiwan, et est actuellement le « leader spirituel » de l'Union pour la solidarité de Taiwan.